针对空间站飞行轨道的特点，从理论上分析了空间站轨道误差对单向和共视时间比对的影响，并通过仿真实验对理论分析结果进行验证，研究结果表明轨道误差对空间站时间比对的影响在几百皮秒量级，是影响空间站时间比对精度的主要误差源。提出了一种适用于两个地面站间进行高精度时间比对的空间站轨道误差修正方法，通过仿真实验验证了该方法的有效性。实验结果表明，该方法能有效地修正空间站轨道误差，能实现精度在几十皮秒量级的两地面站间的超高精度时间比对，比对基线可达上千公里。