卫星导航系统时间对溯源链路的可靠性和同步精度提出要求。采用光纤时间传递技术实现的溯源链路可获得高精度的溯源钟差，提高卫星导航系统时间同步精度。但由于光线传输链路、光线设备和基准输入信号等中断或干扰降低溯源链路可靠性并导致溯源钟差存储粗差影响溯源模型精度，因此需要对溯源链路状态实时监测，并在估计溯源模型参数前对溯源钟差数据进行粗差探测。对此，通过引入最小二乘推估理论，推导基于光纤时间传递的溯源钟差拟合残差统计特性，提出针对光纤时间传递溯源钟差的滑动窗口粗差实时探测方法。实验以某卫星导航试验系统长度为56km、时间传递不确定度优于100ps的光纤溯源链路实测钟差数据为例，验证了所提方法的可行性与有效性。