本发明公开了一种基于连通性指数和图论的河网连通性量化方法，将河网概化为以河段为顶点、以闸坝为边的有向河网图模型；再用邻接矩阵表示出来，计算邻接矩阵任意两河段之间的最短距离路径，得到多个易达路径；再计算河网网状水系连通性指数RCI。利用该方法进行闸坝系统优化的方法为，依次去掉河网内的其中任意一个闸坝，并重新计算RCI，将得到的多个RCI指数由大到小排列，排列顺序即为优先拆除顺序，根据该优先拆除次序对河网闸坝系统进行优化。本发明的连通性量化方法打破了树状水系连通性指数应用范围的局限性，可用于河网水系连通性变化评估，且可适用于水利工程繁多、人工渠系交织、复杂的网状河流系统的优化。