本成果提供一种小口径菌种瓶装瓶机，包括机架、箱体、绞龙轴、绞龙叶片和电机，所述箱体设置于所述机架上，所述箱体的上表面设有加料口，所述箱体的一侧设有出料筒，所述出料筒沿第一方向延伸且直径沿所述第一方向逐段变小，所述绞龙轴转动连接于所述箱体上且沿所述第一方向延伸，所述绞龙轴与所述出料筒同轴且所述绞龙轴的轴端与所述出料筒的出口齐平，所述绞龙轴的直径沿所述第一方向逐段变小，所述绞龙叶片呈螺旋状绕设于所述绞龙轴上，所述绞龙叶片与所述出料筒之间具有出料间隙，所述电机设置于所述机架上，与绞龙轴传动连接，用于驱动绞龙轴转动。本申请实现了向小口径的菌种瓶内装入培养基的功能，避免了手工装瓶方式，提高了装瓶效率。