本发明公开了一种山羊CSN1S1基因插入/缺失的检测方法及其应用。该方法是以待测山羊全基因组DNA为模板，通过PCR技术扩增山羊CSN1S1基因，再进行琼脂糖凝胶电泳，鉴定山羊CSN1S1基因存在indel位点多态性。大样本(N>1000)相关分析结果揭示，CSN1S1基因indel的不同类型与陕北白绒山羊第一胎产羔性状之间存在显著相关，提示CSN1S1基因indel的不同类型可作为提高山羊第一胎产羔性状的DNA标记。本发明提供的快速检测山羊CSN1S1基因indel的方法，可在中国山羊繁殖性状的标记辅助选择育种中应用，有利于快速建立高产羔数性状的山羊遗传资源群体。