本发明公开了与白菜黄色种皮基因Brsc-ye连锁的SSR分子标记引物及应用。该标记引物的获得是以黄籽白菜和普通棕籽白菜及其F₂分离群体的基因组DNA为模板，通过520对SSR引物对黄籽白菜亲本和棕籽白菜亲本进行多态性引物筛选，然后通过对F₂群体的单株进行分析，筛选与白菜黄色种皮基因Brsc-ye连锁的分子标记，成功获得了与Brsc-ye基因连锁的7对SSR标记引物，构建了白菜黄色种皮基因Brsc-ye的分子遗传图谱。连锁分析发现Brsc-ye基因两侧连锁紧密的两个SSR标记的遗传距离分别为0.17cM和0.29cM，该分子标记具有检测方便，扩增稳定，重复性和准确率高等优点，为白菜、油菜黄色种皮性状的分子辅助选择育种提供依据，加快育种进程。