本专利公开了一种银杏叶内酯分离装置，包括：多个储液罐、多个收集罐、层析柱及真空泵，该层析柱一端通过第一多通管分别与每个该储液罐连通，且每个该储液罐与该第一多通管之间设有阀门；该层析柱另一端通过第二多通管分别与每个该收集罐连通，且每个收集罐与该第二多通管之间设有阀门；该真空泵通过第三多通管分别与每个该收集罐连通，且每个该收集罐与该第三多通管之间设有阀门。因此本专利提供的一种银杏叶内酯分离装置，通过设置与真空泵连通的多个储液罐及多个收集罐，利用真空泵在装置内形成负压，实现了储液罐中液体的自动上样及洗脱，从而提高了单体分离效率。