鼠疫是一种流行在啮齿动物间通过跳蚤传播的自然疫源性传染病，以发病急、传播快、病死率高为特征，是我国法定的甲类传染病。陕西省榆林市定边县1987年被判定为鼠疫疫源地，1987年以来，在1987-1988、2000-2001、2006年发生了三起鼠间疫情。历次监测共发现啮齿动物6科7亚科18属23种，以长爪沙鼠为优势种，其它小型啮齿动物主要有子午沙鼠、黑线仓鼠、小毛足鼠、三趾跳鼠、五趾跳鼠、小家鼠等，家栖鼠类有褐家鼠、小家鼠等。鼠疫疫源地空间结构复杂多样，疫源地性质稳固。在实际分类工作中，有的宿主动物在分类学上存在分歧，在疫情处理及监测过程中经常会碰到一些宿主残体，形态学上很难区分种类等等，这些问题严重影响了鼠疫防治工作开展，需要进一步明确。

DNA条形码技术(DNA Barcoding) 是一种通过使用短的标准DNA片段来快速、准确鉴定物种的技术，目前在动物分类中最常用的基因序列是线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)。该技术的优点在于物种鉴定无需依靠形态特征,对幼体、保存不完整的个体甚至生物残迹同样能准确鉴定,并有助于发现形态上保守的"隐存种"(cryptic species) 。因此,在遗传保护领域, DNA条形码技术能够准确地评估给定区域的物种和遗传多样性,并对生物多样性进行有效地监测。在流行病学方面, DNA条形码技术能够使疾控人员准确识别宿主动物, 有利于疫情的预防和控制 。

基于上述原因，申报了陕西省科学技术研究发展计划项目"DNA条形码技术在陕西省鼠疫疫区宿主动物鉴定中的应用（2012K16-12-03）"课题。主要工作总结如下。

1、对疫区内3目6科12属14种139只宿主动物COI基因进行了分析，建立了疫区宿主动物DNA条形码数据库。对COI基因进行序列分析，发现同属各种COI序列的差异程度为8.5-15.1%,种内的COI序列差异程度小于等于2%。

2、发现鼠疫疫区存在黑线仓鼠隐存种，陕西境内存在3种"黑线仓鼠"。

3、构建了残体鉴定技术， 对7个鼠种8个不同部位的62份残体标本（包括足部、肋骨、尾巴、皮毛、毛发、耳朵、肌肉、眼球）进行了鉴定。发现除剪断的毛发外，其余部位均能扩增出目的基因，用于对宿主动物进行物种鉴定，与形态学鉴定相吻合。

4、纠正了疫区黄鼠的分类地位，定边县黄鼠多年来一直称为达乌尔黄鼠。基于此，采集黄鼠标本，进行形态学分析、测定鼠疫疫区黄鼠COI、Cyt-b基因序列，与内蒙古科右中旗、正镶白旗达乌尔黄鼠、宁夏海原县阿拉善黄鼠同类基因序列进行比对，分析遗传距离，构建系统发育NJ树；用定边县境内黄鼠骨髓细胞制备染色体，制片后镜检，进行染色体核型分析。发现定边和正镶白旗两地间黄鼠在体重、体长、尾长、后足长、尾长/体长、眶间宽/颅全长、上齿列长、上齿列长/齿隙长等指标方面有显著性差别。DNA条形码技术检测陕西省鼠疫疫区定边县黄鼠COI基因序列与宁夏阿拉善黄鼠的遗传距离≤0.5%，与内蒙达乌尔黄鼠遗传距离在7.9%～9.3%之间，Cyt-b基因序列与宁夏阿拉善黄鼠的遗传距离为≤2.2%，与内蒙达乌尔黄鼠遗传距离在8.9%～11.2%之间。COI、Cyt-b基因NJ系统树可见所有样本序列形成两个高支持度的单一分支，陕西鼠疫疫区定边县黄鼠与宁夏阿拉善黄鼠聚为一类，两者与内蒙达乌尔黄鼠形成两个独立分支；染色体数目均为2n=38占84.40%。得出结论陕西省鼠疫疫区定边县黄鼠为阿拉善黄鼠。

5．将疫源地新记录田鼠标本鉴定为东方田鼠。2010年监测捕获到6只田鼠标本，外部形态分析有可能是东方田鼠。由于在疫源地监测从未有东方田鼠的记录，为进一步核实清楚，项目组通过DNA条形码技术将其鉴定为东方田鼠。

发表论文7篇，其中SCI收录一篇，medline收录一篇。

鼠疫是我国重点控制的烈性传染病，当鼠疫流行发生时，及时鉴定阳性宿主动物，诊断、追溯传染源，制定科学的防治方案对于快速控制疫情、减少人民群众生命财产损失非常重要。该项研究建立的鼠疫宿主动物追踪与种类鉴定平台准确度高，可进行非专家物种鉴定，可机械重复，可一次性鉴定大量样本，特别适用于基层鼠疫疫情发生时的应急控制需求。该项研究不但对于掌握我省啮齿动物的种类与分布具有奠基作用，而且为烈性传染病及时控制提供服务，具有重大的社会效益和一定的经济效益。