项目创建了水稻香味基因Fgr、抗稻瘟病基因Pi9、Pigm和Pi-ta  4个功能基因的分子鉴定评价体系，，为抗病育种提供了适宜的材料，避免了育种的盲目性。研究结果对今后秦巴地区水稻分子育种具有重要的指导意义；通过对秦巴地区3种作物遗传结构的分析，明确了秦巴地区3种作物材料的亲缘关系，从而为种质资源创新和杂交组合配组提供了理论依据，该项目填补了秦巴地区水稻、油菜、小麦、茶树资源的分子鉴定评价体系的空白。