我国是世界上地方黄牛种质资源最为丰富的国家之一。然而，专门化肉牛品种的缺乏和“重引进、轻选育”问题的存在导致我国优良肉牛品种长期依赖于进口，严重制约了我国肉牛产业的健康发展。我国优秀的肉牛种质资源众多，但在地方黄牛优秀种质资源挖掘力度不够，地方黄牛起源进化和遗传多样性仍存在争议；牦牛的驯化历史及高原适应性特征研究仍属空白；肉牛重要经济性状形成的分子机制不明、定向选育进程缓慢、精准性不高，仍待进一步挖掘和提升。针对上述问题，项目组从2006年开始，在国家863计划“中国肉牛重要经济性状功能基因组学研究（2013AA102505）”“秦川肉牛优势性状分子育种及新品种系选育扩繁（2010AA10Z101）”“秦川牛肉质性状相关功能基因鉴定（2006AA10Z1A1）”和国家自然科学基金项目“秦川牛肉质性状基因表达调控网络解析及功能基因鉴定（31272411）”“DFAT细胞为模型研究NCOR1在牛脂肪细胞增殖分化和葡萄糖摄取中作用及机制（31301937）”等国家和省部项目支持下，历时15年，系统开展了中国肉牛优秀种质挖掘、重要经济性状形成分子机制解析及定向精准选育等工作，取得了多项创新性成果。   
      创新点1.  基于全基因分析首次解析了中国不同地区的代表性地方黄牛遗传多样性和起源进化，研发出首个中国黄牛高密度SNPs芯片，对加快我国肉牛分子育种及打破肉牛SNPs芯片国际垄断具有重大意义。   
        利用高通量基因组测序技术，对分布我国在不同地区的代表性地方黄牛秦川牛、南阳牛、鲁西牛、延边牛、云南黄牛、雷琼牛、大额牛等，以及引进品种安格斯牛、黑毛和牛等75个样本进行全基因组测序研究。基于全基因分析首次解析了中国不同地区的代表性地方黄牛遗传多样性和起源进化，发现中国黄牛的瘤牛血统来源于雷琼牛，中国南方可能是瘤牛的起源地之一；检测到了  5722万个SNP和 527万个InDel，超过一半的 SNP(59.90%)和InDel(72.45%)  为最新发现，极大地丰富了世界上牛的遗传变异数据库；研发出首个中国黄牛高密度SNPs芯片，对加快我国肉牛分子育种及打破肉牛SNPs芯片国际垄断具有重大意义。   
      创新点2. 首次系统解析了牦牛驯化历史及高原适应性进化特征，绘制牦牛CNV精细图谱，为牦牛高原适应性形成机制解析及分子选育提供理论依据。   
      基于14头野生牦牛和65头家牦牛的基因组重测序数据，首次系统解析了牦牛驯化历史，绘制了牦牛CNV精细图谱，筛选了206个高原适应性相关的CNV，确定了家养牦牛中1000多个驯化过程中潜在受选择区域，发现了5254个突变位点，为进一步解析牦牛高原适应性进化特征及牦牛分子育种提供了理论依据。   
      创新点3. 利用全基因组关联分析等组学技术，解析了中国肉牛重要经济性状形成的分子及表观遗传调控机制，突破了肉牛传统育种周期长、难度大、育种效率低等制约瓶颈。   
        利用全基因组关联分析等组学技术，解析了中国肉牛重要经济性状形成的分子及表观遗传调控机制，发现与生长发育、屠宰、脂肪沉积、肉品质等性状相关的64个基因、145个SNPs及52个miRNA，创建了分子标记辅助育种技术体系；构建了miRNA-mRNA调控网络；建立了ARN脂肪调控网络数据库。应用于秦川牛的早期选种，加快了秦川牛肉用新品系的选育进程，突破了肉牛传统育种周期长、难度大、育种效率低等制约瓶颈。